Como uma vila em um dos cinco grandes países Shinobi, Konoha é liderado por um Kage conhecido como Hokage, um título que até agora foi dado a 7 ninjas em sua história.

História
O Uchiha e Senju fundaram Konoha.
Durante o período dos Reinos Combatentes, os ninjas foram organizados em pequenos clãs mercenários que conheciam apenas a batalha. Os dois mais fortes desses clãs eram os Senju e os Uchiha, que estiveram em guerra entre si ao longo de sua história. Eventualmente, com a intenção de acabar com o incontável derramamento de sangue, Hashirama Senju usou sua posição como líder de seu clã para criar uma trégua com o clã. Uchiha. O Senju, o Uchiha e seus clãs afiliados formaram a primeira aldeia shinobi: Konoha - um nome inventado por Madara ele mesmo. Outras aldeias logo seriam formadas como Konoha, encerrando assim o período dos Reinos Combatentes.
Hashirama usou suas habilidades de liberação de madeira para produzir grande parte da infraestrutura da vila. Essa habilidade e seus ideais foram duas das razões pelas quais ele foi escolhido para se tornar o líder da aldeia: o Hokage. Madara, no entanto, temia que o Senju oprimisse seu clã e tentasse reunir apoio para derrubar Hashirama. Nenhum Uchiha não quis ajudá-lo, forçando-o a atacar Hashirama sozinho. Madara acabou sendo derrotado no que seria chamado de Vale do Fim e foi considerado morto. No final da batalha, Konoha tomou posse de Kurama, disse "Nove Caudas". Para conter o seu enorme poder, a aldeia começou a selar a fera dentro do Uzumaki, um clã com o qual os Senju e, portanto, o resto da Konoha tinha laços estreitos. Em algum momento, Hashirama veio para amarrar algumas das outras Bestas com Cauda e entregá-las às outras aldeias ninja recém-formadas para promover a paz e a tranquilidade. No entanto, esta paz durou pouco. Hashirama morreu logo depois que a vila começou a florescer, e o manto de Hokage foi passado para seu irmão, Tobirama Senju, que se tornou o segundo Hokage.
Tobirama morreu durante a Primeira Guerra Mundial Shinobi, morto por um ninja Kumo, mas teve tempo de nomear Hiruzen Sarutobi como o Terceiro Hokage antes de sua morte. Anos mais tarde, durante a Segunda Guerra Mundial Shinobi, Hiruzen liderou as forças de Konoha contra Iwa e Suna, usando Ame como campo de batalha. O líder de Ame, Hanzō, também lutou Konoha várias vezes, e durante uma dessas batalhas ele deu aos alunos de Hiruzen - Jiraiya, Tsunade e Orochimaru - o título de Sannin. Durante a Terceira Guerra Mundial Shinobi, Konoha lutou contra ninjas Iwa em Kusa. Konoha foi quase derrotado, mas Minato Namikaze e sua equipe ajudou a virar a guerra a seu favor.
Ataque da Raposa Demoníaca de Nove Caudas
Após o fim da Terceira Guerra Mundial Shinobi, Hiruzen escolhe Minato para substituí-lo como quarto Hokage. Mas logo após assumir o cargo Minato, um homem mascarado sequestrou oUzumaki-host de Kuramaet removeu-o de seu corpo, que ele então usou para atacar Konoha. Minato conseguiu derrotar o homem, mas a megera se mostrou mais difícil de vencer. Com poucas opções restantes, Minato deu sua vida para selar o Nove Caudas no corpo de seu filho recém-nascido, Naruto Uzumaki. Muitos ninjas morreram defendendo a vila, e a maioria dos sobreviventes culpou Naruto pelas ações da raposa. Hiruzen, Hokage novamente, proibiu qualquer menção às Nove Caudas para que as gerações futuras não odiassem Naruto como seus pais fizeram.

O caso Hyuga
O Caso Hyūga – como o incidente é conhecido hoje em Kumo – ocorreu nove anos antes do início da série Naruto, enquanto Kumo e Konoha estavam em guerra. Na tentativa de pôr fim aos combates, concordaram com a assinatura de um tratado de paz na data que coincidia com o terceiro aniversário da Hinata Hyuga. O tratado logo se revelou nada mais do que um disfarce quando a pessoa que era então o ninja chefe de Kumo - que estava no Konoha para assinar o tratado - tentou remover Hinata para obter o Byakugan e seus segredos. O shinobi foi morto em sua tentativa pelo pai de Hinata, Hiashi Hyuga.
Queda do clã Uchiha
Os líderes de Konoha acreditava que um Uchiha foi responsável pelo ataque à Raposa Demoníaca de Nove Caudas e, como resultado, eles cortaram oUchiha da maioria dos assuntos da aldeia. Furiosos com esses maus-tratos, muitosUchiha começaram a preparar um golpe de estado que lhes permitiria assumir o controle de Konoha. No entanto, alguns Uchiha viu os perigos de tal empreendimento. Um deles é Itachi Uchiha, que se torna um espião para a gestão de Konoha. Após o fracasso das negociações de paz, Danzo Shimura ordenou Itachi eliminar seu clã em troca de permissão para poupar seu irmão mais novo, Sasuke. Itachi, com a ajuda de Tobi, fez o que lhe foi pedido, mas encenou os acontecimentos para dar a impressão de que estava agindo sozinho e com fins egoístas, para que Sasuke um dia se vinga pelo que fez à família.
O esmagamento de Konoha
Durante a primeira parte Naruto, Konoha é o site dos Exames Chunin. Durante a fase final dos exames, a vila é invadida pelos ninjas Oto e Suna, numa tentativa de acabar com a paz e a prosperidade que Konoha é o único a gostar dos Shinobi desde a Terceira Guerra Mundial. Os invasores são repelidos, mas Konoha sofreu pesadas perdas, incluindo Hiruzen. Embora Tsunade rapidamente o substitui como Quinto Hokage, restabelecendo o restante das forças militares de Konoha é lento. A aldeia apresenta falta de pessoal até à segunda parte, o que a torna incapaz de responder adequadamente aos acontecimentos que entretanto ocorrem, como a deserção de Sasuke Uchiha.

A agressão dePain
Três anos após a fracassada queda do Konoha, as seis maneiras dePain deAkatsuki ataque Konoha para tentar capturar Naruto. Os pontos fortes de Konoha obteve algum sucesso no combate aoPain individualmente, mas não pode fazer nada para impedir a destruição da vila pelo Shinra Tensei de Pain. Naruto retorna para Konoha logo depois e derrotas Pain antes de enfrentar Nagato, o homem por trás Pain. Depois disso Naruto o convenceu de que suas ações estavam erradas, Nagato dá a vida para reviver todos aqueles que morreram durante a invasão. Tsunade fica em coma porque se esgotou para proteger Konoha dePain, o que leva Danzo Shimura a substituí-la temporariamente. Danzō supervisiona o início do longo processo de reconstrução da vila e lida com as consequências imediatas do ataque a Pain.
Quarta Guerra Mundial Shinobi
Devido à crescente agressividadeAkatsuki, as aldeias ninja decidem formar uma força aliada Shinobi para se opor Akatsuki durante a Quarta Guerra Mundial Shinobi. Danzō é morto logo após a decisão da Aliança, mas Tsunade emerge do coma a tempo de começar a supervisionar os esforços de guerra. Embora ainda em construção, Konoha serve de refúgio para refugiados que fogem de países onde se espera que ocorram grande parte dos combates. Quando a guerra foi vencida, a maior parte da aldeia foi restaurada. Devido à guerra, a população de Konoha sofreu muito, mas aos poucos se recuperou.
Pós-guerra
Depois da guerra, Konoha experimentou um aumento em sua população sob a liderança de Kakashi Hatake e Naruto Uzumaki, Sexto e Sétimo Hokage respectivamente. A vila geralmente se expandiu e uma série de arranha-céus foram construídos atrás da Pedra Hokage. A aldeia passou por uma revolução técnica, com o fornecimento de computadores, telemóveis e comboios eléctricos. Alguns, como Sarada Uchiha, observe que Konoha é agora uma cidade e não uma aldeia. Vários anos depois, grande parte Konoha, de Hogake Rock e a cidade atrás da vila foi destruída, provavelmente por um garoto misterioso.
*bandeira oficial da vila bem como seu símbolo
Na aldeia existem muitos clãs poderosos e respeitados. Destes, quatro clãs são considerados clãs nobres. São eles: Aburame, Akimichi, Hyūga e Uchiha - sendo este último considerado o clã mais poderoso da aldeia. Todos os clãs conhecidos na aldeia são:
Clã Aburame
O Clã Akimichi
O clã Hatake
Clã Hoki
O clã Hyuga
O clã Inuzuka
O clã Kohaku
O clã Kurama
O clã Nara
O clã Sarutobi
O clã Senju
O clã Shimura
O clã Uchiha
Clã Uzumaki
Clã Yamanaka
Protocolos de emergência
Konoha tem um protocolo caso a aldeia seja atacada.
1) Elimine unidades inimigas.
2) Se a fase 1 não for viável, evacuar todos os civis para o abrigo mais próximo, escondido em toda a aldeia.
3) Use todas as forças da aldeia para eliminar o inimigo com força total, aproveitando a vantagem do terreno.
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No dia do nascimento de Naruto Uzumaki, a aldeia de Konoha foi atacada pelo demónio raposa de 9 caudas, chamado Kyubi. Para proteger a aldeia, o pai de Naruto, o 4.º Hokage (líder da aldeia), sacrifica-se e sela o demónio no seu filho recém-nascido.
13 anos depois, Naruto conclui a academia de ninjas e torna-se um shinobi com o objetivo de se tornar o novo Hokage da aldeia. É acompanhado pelo seu amigo (e rival) Sasuke Uchiha, que tenta tomar o poder para vingar o seu clã, assassinado pelo seu irmão mais velho Itachi.
Mais tarde, quando Itachi regressa à aldeia após os exames de chuunin e Sasuke se revela impotente perante ele, Sasuke vai cair sob o domínio do maléfico Orochimaru para ganhar poder.
Naruto tem de fazer tudo o que estiver ao seu alcance para impedir que o seu amigo se perca nas trevas, mesmo que isso signifique perder-se a si próprio.