OAkatsuki tem mais de 10 membros oficiais, alguns membros não oficiais e todos, exceto um, são homens. Foi fundada por Yahiko e Konan com Nagato como líder, embora atue sob o pseudônimo Pain.
O símbolo deakatsuki é a nuvem vermelha, que pode ser encontrada em sua capa oficial. os membros também têm um anel com design exclusivo para cada proprietário.

Parte I
Durante a primeira parte Naruto, oakatsuki desempenha um papel menor.
Em busca de Tsunade
Oakatsuki enviado Itachi Uchiha e Kisame para coletar a Raposa de Nove Caudas, mas, mais tarde, eles conheceram o ninja de Konoha e Jiraiya, que os forçou a fugir.
Recuperação de Sasuke
Zetsu assisti a batalha entre Naruto e Sasuke e participou da reunião doAkatsuki.
Resgate do Kazekage
Deidara e Sasori apareceu na vila de areia para capturar Shukaku, o Gaara. Os membros deAkatsuki trancou-o enquanto o ninja da folha e Chiyo os seguiam. Depois de lutar contra Chiyo e Sakura, Sasori morre e é substituído por Tobi que se passou por "Rookie".
Membros doAkatsuki Hidan e Kakuzu capturou Yugito Nii e Akatsuki extraíram o monstro de duas caudas. Asuma e sua equipe lutaram contra a dupla, mas Asuma foi morto por Hidan, então os dois brigaram Kakashi com as equipes 10 e 7 como reforços. Hidan foi espancado por Shikamaru e Kakuzu foi morto por Kakashi depois disso Naruto vencê-lo. Enquanto isso, Deidara e Tobi, em seu personagem maluco, capturou a Besta de Três Caudas.
Perseguição deItachi
Kisame e Itachi capturou Roshi e apareceu em uma reunião doAkatsuki. Quando a morte deOrochimaru é anunciado, Deidara ataques Sasuke com Tobi ainda disfarçado para matá-lo. Deidara comete suicídio ao tentar explodir Sasuke, mas ele sobrevive. Mais tarde, Tobi, sob sua verdadeira face, parece Pain e Konan. Ele diz a eles para coletarem a Besta de Nove Caudas enquanto ele vai atrás Sasuke.
Sasuke confrontar Itachi um a um, enquanto Naruto e seus amigos lutam contra Tobi. Quando Itachi morre, Zetsu alerta Tobi e eles se recuperam Sasuke. Tobi então doutrinar Sasuke no caminho de Madara Uchiha, e consegui voltar Sasuke contra seus antigos amigos e aliados. Tobi enviar Sasuke e sua equipe (agora conhecida como Taka) para recuperar a Besta de Oito Caudas, mas eles são enganados e só conseguem trazer de volta um de seus tentáculos.

A invasão dePain
Jiraiya se infiltra em Rain Village na esperança de aprender mais sobre o líder doAkatsuki, apenas para descobrir que é administrado por seus ex-alunos, Nagato e Konan. Ele se depara Konan, depois para a trilha dos animais de Nagato. Quando Nagato é forçado a usar todos os seis corpos contra Jiraiya, ele consegue matá-lo. Konan, Nagato e o Seis Corpos dePain então invada Konoha, causando estragos. Um grande número de ninjas são mortos e Pain consegue arrasar a maior parte da aldeia com seu Jutsu da gravidade. Justo neste momento, Naruto chega, tendo dominado o Senjutsu, e derrota os seis Pain. Ele então enfrenta Nagato e, embora furioso por isso Nagato matou seu mentor, ele encontra em seu coração perdoá-lo. Nagato, tocado pelo personagem de Naruto, retribui o favor revivendo todos os habitantes mortos de Konoha. Ele morre de exaustão e Konan folhas Akatsuki.
Reunião Gokage
Tobi, Zetsu e Taka entram furtivamente na Terra do Ferro e planejam o assassinato dos Cinco Kage. Zetsu espalha seus esporos, o que permite drenar seu chakra. Sasuke então ataca todos os Kage, conseguindo pegar o braço do Raikage. Jugo e Suigetsu são presos e Karin é sequestrada pelo procurador Hokage, Danzō. Tobi então aparece, proclamando-se Madara Uchiha e exigindo que as Bestas de Oito e Nove Caudas sejam entregues a ele. Quando os Kage recusam, ele declara guerra a eles.
Hoshigaki Kisame rastreia Killer B e luta contra ele, apenas para ser derrotado pela equipe de Raikage e Jinchukiri. Mais tarde descobriu-se que ele trocou de lugar com um clone de Zetsu e ele se esconde em sua espada.
Kabuto se aproxima Tobi, oferecendo-lhe sua lealdade. Quando ele apresenta os cinco membros mortos doAkatsuki como cadáveres reanimados, bem como um sexto caixão que assusta Tobi, ele relutantemente concorda. Kisame entra furtivamente no campo de treinamento secreto de Jinchuriki. Quando Naruto domina o chakra da Besta de Nove Caudas, ele descobre Kisame escondido em sua espada. Kisame foge, mas é derrotado pelo Poderoso. Quando eles tentam questioná-lo, Kisame convoca vários tubarões que o despedaçam.
Kabuto tenta emboscá-los, mas é interceptado pelo Tsuchikage. No entanto ele consegue sequestrar Yamato e Tobi o funde com a árvore Senju para formar seu exército Zetsu mais forte. Tobi reunião Konan, que tenta matá-lo, mas sem sucesso. Tobi usa genjutsu para encontrar a localização de Nagato e deixe Konan morrer. Tobi então planta o Rinnegan de Nagato em sua órbita esquerda e vai para a guerra contra Kabuto, seu exército de mortos-vivos e 100.000 Zetsu brancos.

Guerra Mundial Shinobi
Deidara e Sasori, agora reanimado, ataque Sai e Kankuro. Sai bate Deidara para subjugá-lo e Kankuro tranca os dois em seus contêineres de marionetes. Kankuro apela ao sentimento de orgulho de Sasori, o que faz com que ele abandone sua forma física e retorne à vida após a morte. Kakuzu dizima um pelotão inteiro de ninjas, apenas para ser parado por dois ninjas da Folha que o encurralam. Depois que Kinkaku e Ginkaku revividos foram selados dentro dos tesouros sagrados do Sábio dos Seis Caminhos, Tobi e a estátua do Caminho Exterior chegam ao campo de batalha para reivindicar os navios, que contêm vestígios do Chakra das Nove Trilhas.
Tobi transforma os seis cadáveres de Jinchuriki em seu próprio corpo Pain, selando as Bestas com Cauda lá novamente. Itachi e Nagato confrontar Naruto e Killer B, que Kabuto tenta tirar vantagem, forçando-os a lutar. Itachi se liberta e trava Nagato com a ajuda de Naruto e Killer B, então ataca Kabuto. Quando os Kage revividos são derrotados por Naruto e seus sucessores, Kabuto tira seu trunfo: Madara Uchiha. Os cinco Kages lutam Madara enquanto Naruto, Assassino B, Kakashi e cara de cara Tobi. Os quatro conseguem neutralizar seus Caminhos de Dor, mas não conseguem libertar as Bestas com Cauda ali armazenadas.
Enquanto isso, Sasuke se recuperou de sua operação, a caminho do campo de batalha, e se deparou com oItachi ressuscitado. Em busca de respostas, ele segue o irmão e os dois homens confrontam Kabuto. Kabuto é capaz de combatê-los com seu Senjutsu e outras técnicas, mas Itachi prende-o no genjustu e obriga-o a desfazer o Edo Tensei Justu. Todos os ninjas reanimados são derrotados, exceto Madara, que resiste e derrota os cinco Kage.
Tobi sela os restos do chakra da Nove-Caudas dentro da Estátua do Demônio, causando uma metamorfose quando as nove formas mais poderosas do chakra se unem para formar a Besta de Dez Caudas. Naruto e os outros lutam Tobi, enquanto obtém pistas enigmáticas sobre sua verdadeira identidade. Quando Naruto consegue quebrar a máscara de Tobi, Isto confirma as suspeitas de Kakashi : Tobi é Obito! Kakashi também pergunte por que Obito faz isso e Obito afirma que é por causa da morte de Rin. Madara então aparece e explica queObito é muito impaciente e o plano original era que Madara ser ressuscitado por Nagato. Madara então luta contra Naruto e Bee quando ele sai Obito cuidar de Kakashi e cara.
Apesar da derrota deAkatsuki Durante a Quarta Guerra Mundial Shinobi e a morte e destruição que ela causou, os métodos de paz dos ShinobiAkatsuki permanecem atraentes para certos indivíduos. Alguns, como a Aliança Armamentista Ryūha e Gengo, perseguem os objetivos deAkatsuki na mente. Cerca de quinze anos após o fim da guerra, uma ex-cobaia doOrochimaru, Shin, desenvolve um fascínio por Itachi e adota o nome deUchiha enquanto planeja vingança Itachi matando Sasuke. Além disso, Shin chegou ao ponto de adotar o nomeAkatsuki, convencido de que seu antigo objetivo de guerra sem fim é a ferramenta evolutiva perfeita, eliminando os fracos e promovendo força para toda a humanidade. Ele compõe oAkatsuki com numerosos clones de si mesmo e busca avançar no renascimento doAkatsuki. Os planos de Shin começam a se complicar quando o Sétimo Hokage toma conhecimento de sua existência após um encontro entre Sasuke e um clone. Shin usa medidas drásticas para combater Naruto e Sasuke, como enviar seus clones para sequestrar, sem sucesso, a filha de Sasuke, Sarada Uchiha e levar sua esposa à força, Sakura. Shin é logo traído e morto por seus clones, que posteriormente se rendem e são deixados no orfanato de Shin. Konoha, terminando seu novo Akatsuki antes de realmente começar.

No início, Yahiko e seus amigos Konan e Nagato havia se formado Akatsuki reunir os emissários da paz que trabalham para acabar com os conflitos do mundo ninja.
Infelizmente, depois de muitas tragédias, transformou-se em uma organização criminosa que reúne os ninjas renegados mais poderosos do mundo. Seu objetivo é capturar as Bestas com Cauda para ganhar poder ilimitado, Nagato e seus membros pensando que era um meio de dominação.
No entanto, apenas Nagato, Konan e Obito, que fingiu ser Tobi, e Zetsu, um subproduto dos experimentos de Madara, sabia que a verdadeira intenção era reformar o Dez Caudas como parte do caminho do Olho da Lua que Madara projetado para governar o mundo como deus.
Nagato/Pain - Líder, fundador, redimido, falecido.
Preto Zetsu - Imortal.
Zetsu branco - morreu.
Obito Uchiha/Tobi - Resgatado, falecido, diretor.
Konan - Derrotado após a morte de Nagato, redimido, falecido.
Itachi Uchiha - Morreu, redimido.
Kisame Hoshigaki – Morreu.
Sasori - Morreu, redimido.
Deidara - Morto.
Hidan - Imortal.
Kakuzu - Morto.
Ex-membros
Yahiko – Ex-líder e fundador, falecido.
Orochimaru - Ex-membro, redimido, vivo.
Kyusuke - Membro doAkatsuki original, falecido
Daibutsu - Membro doAkatsuki original, falecido
Jūzo – Ex-associado deItachi, falecido.

Membros não oficiais e status
Zangei – Capturado.
Kyōya - Desconhecido.
Ginji – Desconhecido.
Kabuto Yakushi – falhou.
Taka – Organização, deserta.
Sasuke Uchiha - Derrota.
Suigetsu Hōzuki – Desativado.
Jugo - em desuso.
Karin – Desativada.
Funari – Presumivelmente falecido.
Mukade - Morto.
Yura – Morreu.
Madara Uchiha - Morreu.
Canela Uchiha - Morreu.
Tobi - Morto.
Exércitos
Edo Tensei
Graças à aliança formada por Kabuto, ele ressuscitou alguns membros daAkatsuki e ninja mais famoso para completar a adesãoAkatsuki. Os únicos que não foram ressuscitados são Konan, Hidan (que ainda está vivo), Kisame e Orochimaru.
Uma lista daqueles que foram ressuscitados por Kabuto
Nagato
Kakuzu
Deidara
Sasori
Itachi Uchiha
Os seis Jinchuriki
Yugito Nii Jinchuriki por Matatabi
Yagura o Jinchuriki por Isobu
Roshi o Jinchuriki de Son Goku
Han, o Jinchuriki por Kokuo
Utakata o Jinchuriki por Saiken
Fuu le Jinchuriki por Chomei
Os quatro Kages
Mu o segundo Tsuchikage
Rasa o quarto kazekage
Para o terceiro Raikage
Gengetsu Hozuki o segundo mizukage
O trunfo de Kabuto
Madara Uchiha
Os Sete Espadachins da Névoa
Zabuza Momochi
Mangetsu Hozuki
Fugaki Suikazan
Kushimaru Kuriarare
Ameyuri Ringo
Jinin Akebino
Jinpachi Munashi
Outros Ninjas
Asuma Sarutobi
Dan Kato
Haku
Kimimaro
Canela
Hanzo
Gari
Pakura
Hizashi Hyuga
Kinkaku e Ginkaku
Torune
Toroi
Chiyo
Chukichi
O principal exército doAkatsuki é composto por 100.000 exemplares de Zetsu branco usando o chakra das Bestas com Cauda e o DNA de Hashirama Senju. Eles parecem ter corpos completos, ao contrário Zetsu espaços em branco originais. Eles foram atualizados por Yamato, que foi capturado por Kabuto enquanto localizava o Jinchuriki e pode se transformar em qualquer pessoa assim que reunir seu chakra oponente.
A estátua
O Estátua do Grande Demônio Heresiarca serviu como recipiente para as bestas com cauda e as dez caudas usadas por Nagato, bem como cultivar o DNA de Hashirama Senju.
Pessoas que derrotaram membros doAkatsuki
Sasori - Sakura e Chiyo
Hidan - Shikamaru
Kakuzu - Kakashi
Orochimaru- Sasuke
Deidara - Sasuke
Itachi - Sasuke
Nagato - Naruto
Kisame - Cara
Konan - Obito
Branco Zetsu - Sasuke
Obito - Kaguya
Zetsu preto - Naruto
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No dia do nascimento de Naruto Uzumaki, a aldeia de Konoha foi atacada pelo demónio raposa de 9 caudas, chamado Kyubi. Para proteger a aldeia, o pai de Naruto, o 4.º Hokage (líder da aldeia), sacrifica-se e sela o demónio no seu filho recém-nascido.
13 anos depois, Naruto conclui a academia de ninjas e torna-se um shinobi com o objetivo de se tornar o novo Hokage da aldeia. É acompanhado pelo seu amigo (e rival) Sasuke Uchiha, que tenta tomar o poder para vingar o seu clã, assassinado pelo seu irmão mais velho Itachi.
Mais tarde, quando Itachi regressa à aldeia após os exames de chuunin e Sasuke se revela impotente perante ele, Sasuke vai cair sob o domínio do maléfico Orochimaru para ganhar poder.
Naruto tem de fazer tudo o que estiver ao seu alcance para impedir que o seu amigo se perca nas trevas, mesmo que isso signifique perder-se a si próprio.