Seus talentos naturais em coleta de informações e medicina atraíram a atenção deOrochimaru quando ele era mais jovem, que fez de Kabuto seu braço direito. Embora Kabuto tenha aprendido muito sobre o mundo sob Orochimaru, ele finalmente decide que sua vida de serviço aos outros o impediu de formar uma identidade para si mesmo.
Ele então busca o poder e se torna um fator importante na Quarta Guerra Mundial Shinobi, usando seu lugar superior no mundo para encontrar seu lugar nele. Depois de finalmente se encontrar no mundo, Kabuto retorna para Konoha para administrar o orfanato lá e ajudar outros como ele a encontrar seu próprio caminho.

Contexto
Kabuto foi encontrado quando criança por Nonō Yakushi nos arredores de uma cidade recentemente destruída em batalha; ele sofreu um ferimento na cabeça, deixando-o sem memória de seu nome ou de seu passado. Nonō tratou de seu ferimento e o levou para o orfanato em Konoha. Urushi, outro órfão, colocou um capacete na cabeça para evitar ser ferido novamente, o que levou Nonō a chamá-lo de "Kabuto". Kabuto gostou do nome e saiu da cama naquela noite para agradecer, ignorando o horário rígido do orfanato. Quando Nonō o encontrou, ela descobriu que isso acontecia em parte porque ele não conseguia ler o relógio devido à sua visão deficiente. Ela deu-lhe os óculos para que ele pudesse ver, enchendo Kabuto de gratidão.
A fim de ganhar dinheiro para as operações do orfanato, Nonō usou seu ninjutsu médico para tratar shinobi feridos de Konoha ; Kabuto, tendo sido treinado em ninjutsu médico por Nonō, o estava ajudando. Embora o dinheiro tenha ajudado, eles ainda dependiam de financiamento direto de Konoha para sair disso. Ciente deste fato, Danzō Shimura um dia foi ao orfanato ameaçando recusar financiamento para Konoha se Nonō não entregasse um dos órfãos à sua organização Root. Kabuto, depois de ouvir esta conversa, se ofereceu contra os protestos de Nonō e dos Urushi. Root treinou Kabuto em espionagem e ao longo dos anos o enviou para obter informações se passando em diferentes momentos como um ninja de Kumo Kiri Suna e Iwa. Enquanto estava em Iwa, a espionagem de Kabuto foi descoberta e um ninja de Iwa o encurralou. Ele conseguiu derrubar seu perseguidor, mas somente depois de descobrir que era Nonō, que também trabalhava para Root.

Personalidade
Às vezes, Kabuto pode parecer muito aberto, mais do que disposto a abordar as pessoas e sempre confiante em suas próprias palavras e ações. Ele mesmo admite que é um introvertido que não gosta de ser olhado e quer ficar em segundo plano. Ele pode ser muito crítico com os outros, descartando seus desejos pessoais e apontando quaisquer falhas que perceba. Para com aqueles que considera merecedores, ele é nada mais que educado, tratando-os com deferência, usando as devidas honras e repreendendo aqueles que não fazem o mesmo. Ele pode ser cruel, abordando assuntos delicados para irritar alguém e temperando seus comentários com sarcasmo. Outras vezes ele é legal, colocando-se em perigo e se tornando útil sem nenhum benefício imediato.
As muitas contradições de personalidade de Kabuto são resultado de seu frequente papel como espião, tendo passado a maior parte de sua vida trocando de identidade e lealdade a fim de coletar informações para alguma organização. Embora esteja a serviço deOrochimaru por muito tempo, mesmo Orochimaru nem sempre tem certeza de como Kabuto se sente: ele confia implicitamente em Kabuto, mas secretamente suspeita que Kabuto possa prejudicá-lo intencionalmente. Quando Kabuto começa a trabalhar com Tobi, este último tem o cuidado de estar alerta e mantê-lo sob controle, ciente de que Kabuto nem sempre age pelos motivos que afirma; mesmo assim, Kabuto é capaz de se tornar tão valioso e tão perigoso que Tobi não posso fazer nada sobre isso.

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No dia do nascimento de Naruto Uzumaki, a aldeia de Konoha foi atacada pelo demónio raposa de 9 caudas, chamado Kyubi. Para proteger a aldeia, o pai de Naruto, o 4.º Hokage (líder da aldeia), sacrifica-se e sela o demónio no seu filho recém-nascido.
13 anos depois, Naruto conclui a academia de ninjas e torna-se um shinobi com o objetivo de se tornar o novo Hokage da aldeia. É acompanhado pelo seu amigo (e rival) Sasuke Uchiha, que tenta tomar o poder para vingar o seu clã, assassinado pelo seu irmão mais velho Itachi.
Mais tarde, quando Itachi regressa à aldeia após os exames de chuunin e Sasuke se revela impotente perante ele, Sasuke vai cair sob o domínio do maléfico Orochimaru para ganhar poder.
Naruto tem de fazer tudo o que estiver ao seu alcance para impedir que o seu amigo se perca nas trevas, mesmo que isso signifique perder-se a si próprio.